Slovan odehrál první soutěžní zápas už 17. července 2012, kdy ve druhém předkole Ligy mistrů změřil síly s kazašským týmem Šachťor Karagandy. V prvním utkání jej Liberec porazil 1:0, v odvetě remizoval 1:1 a zajistil si postup do další fáze. Ve třetím předkole narazil na ambiciozní rumunskou Kluž, která se mu stala osudnou. Slovan prohrál 0:1, v domácím odvetném klání 1:2 a s Ligou mistrů se musel rozloučit.
Šanci na reparát dostal Slovan ve čtvrtém předkole Evropské ligy, kde změřil své síly s ukrajinským týmem Dněpr Dněpropetrovsk. Po domácí remíze 2:2 bohužel následovala porážka 2:4 na Ukrajině a liberecká stopa v evropských soutěžích skončila.
Slovanu se nepodařilo navázat na dobré výkony z mistrovské sezony ani na domácí scéně a podzimní část pro něj nebyla vůbec dobrá. Už v červenci si zahrál český Superpohár, ve kterém nestačil na Sigmu Olomouc a podlehl jí 0:2. V Gambrinus lize se mu podařilo pouze pětkrát zvítězit a čtyřikrát remizovat. Hned sedmkrát Slovan prohrál. Tým trápily zdravotní problémy. Na začátku sezony prodělal plicní embolii Štajner, v listopadu ho navíc ze hry vyřadily svalové problémy. V závěru podzimu chyběli také zranění Musiol a Butenin i vykartovaní Vácha, Kušnír a Šural. Slovanu tak po podzimní části ligy patřila s 19 body až devátá příčka.
V listopadu ukončil hráčskou kariéru Jan Nezmar, legenda prvoligového fotbalu. Nicméně z pozice opory týmu na trávníku se přesunul na post sportovního ředitele, a v Liberci tak zůstal.
Během zimní přestávky se toho v klubu hodně změnilo. David Bičík, jednička mezi třemi tyčemi, zamířil do tureckého Mersin Idmanyurdu. Odešel také záložník Lukáš Vácha, který přestoupil do pražské Sparty. Maiconovi skončila smlouva a Hadaščok odešel na hostování do Hradce Králové. Do kádru však zavítali špičkoví hráči, kteří týmu pomohli velkým dílem. Jako volní fotbalisté přišli Radoslav Kováč s Lubošem Huškem. Kováč se dokonce stal kapitánem. Na přestup přišli David Pavelka s Martinem Frýdkem, odchovanci pražské Sparty. Z hostování se vrátil brankář Přemysl Kovář, který získal post brankářské jedničky, na hostování navíc zavítal do A-mužstva Sergej Rybalka.
Na začátku jarní části sezony tak obměnený kádr hledal společnou cestu, ale našel ji velmi rychle a stal se dokonce vůbec nejlepším týmem jara! Na úvod zvítězili Liberečtí v severočeském derby nad Jabloncem, remizovali s Jihlavou a vyhráli nad Českými Budějovicemi. Pak sice přišla jediná jarní porážka (1:3 na Slavii), poté už ale následovala vítězná vlna, kdy Slovan zvítězil hned devětkrát za sebou! Poslední utkání ligového ročníku s Příbramí skončilo nerozhodně, loučili se v něm legendární opory týmu Zbyněk Hauzr a Tomáš Janů.
Velký podíl na dobrých výkonech měl Radoslav Kováč, který dirigoval své spoluhráče a motivoval je ke skvělým výsledkům. Na jaře se chytil i Michael Rabušic, jenž se rozstřílel a pro své soupeře byl obrovskou hrozbou, protože střílel gól za gólem. Nebezpečný byl také Dzon Delarge, který si zvykl na liberecký styl hry a zapadl velmi dobře. Neodmyslitelným článkem sestavy byl Jiří Štajner, jenž ve druhé části sezony chytil fazonu a soupeřům naháněl strach.
FC Slovan Liberec se tak v celkové tabulce umístil na třetí příčce a v soutěžních zápasech získal 54 bodů. Liberečtí fotbalisté zaznamenali 16 výher, 6 remíz a 8 porážek. Celkové skóre bylo 46:34.
Severočeši účinkovali také v Poháru České pošty, kde skončili v semifinále, kde nejprve porazili Jablonec 4:3, v odvetě mu však podlehli 2:0.
Statistické zajímavosti Gambrinus ligy
Nejvíce minut na hřišti strávili:
Renato Kelić: 2 475 minut (28 zápasů)
Jiří Fleišman: 2 149 minut (24 zápasů)
Josef Šural: 1 962 minut (25 zápasů)
Mezi nejlepší střelce se zapsali:
Michael Rabušic: 8 branek
Jiří Štajner: 8 branek (z toho 2 góly z penalt)
Josef Šural: 7 branek
Nejčastěji viděli žlutou kartu:
Ondřej Kušnír: 8 žlutých karet
Lukáš Vácha, Miloš Bosančić, David Pavelka: 5 žlutých karet
Jiří Fleišman, Renato Kelić, Isaak Sackey, Josef Šural: 4 žluté karty
Červenou kartu vyfasovali:
Lukáš Vácha: 3 červené karty
Isaak Sackey, Jiří Fleišman: 1 červená karta